特定の作業内で、SKUなどによってさらに細かく管理することはできますか？

可能です。ワークスペースは工程名、案件名などで自由に作成することができ、作業についても任意の粒度で管理することが可能です。
ただし、”作業”の実績を紐づける際に、フィルター設定を行う必要性がありますので、作業内容を区別できる文字列がデータに含まれていることが必須条件となります。